北交所交易费用分为可协商的券商佣金与固定征收的法定规费两大类别，佣金上限为成交金额千分之三，双向收取，单笔最低5元，印花税、过户费、交易所经手费标准全市场统一，不存在议价空间，整体交易成本高于沪深主板市场。投资者区分全佣与净佣模式，才能准确测算真实交易损耗，避免交割单出现额外扣费。
券商佣金是投资者向证券公司支付的交易服务费，监管划定最高上限，各家券商默认费率存在明显差异，新开户未主动调整的情况下，北交所默认佣金普遍在万三上下，并且北交所佣金参数独立设置，沪深A股优惠佣金无法自动同步。市场分为全佣与净佣两种报价形式，全佣打包包含交易所经手费，净佣仅为券商自身服务费，经手费会额外叠加收取，两种模式实际成本差距较大，洽谈费率时务必确认收费类型。资金体量更大、交易频次较高的投资者，可以联系客户经理申请更低档位佣金，最终费率以券商系统登记标准为准。
固定规费拥有统一标准，无法和券商协商调整。印花税仅在卖出股票时单边征收，费率为成交金额万分之五，买入环节无需缴纳；过户费双向收取，按照成交金额万分之零点一计征，由登记结算机构收取；北交所股票交易经手费双向万分之一点二五，是北交所特有的收费项目，也是北交所交易成本高于主板的核心原因。可转债、基金等品种经手费标准低于股票，大宗交易遵循单独的收费规则，普通散户日常交易主要参考普通股收费标准。投资者可以通过交割单逐条核对各项扣费，清晰区分佣金与各类规费。
交易成本会直接影响最终投资收益，北交所个股涨跌幅限制放宽至30%，行情波动剧烈，不少投资者习惯短线频繁交易，持续换手会不断累积手续费。小额交易者尤其需要留意最低5元佣金门槛，如果单次成交金额较低，佣金成本占比会显著抬高。建议投资者开通权限之后第一时间核对佣金费率，优先选择全佣模式，拉长持仓周期减少无效交易，以此降低综合交易成本。
